Филипенко в г. Ханты-Мансийске был создан Окружной медицинский колледж при Тюменском государственном медицинском институте для подготовки специалистов для бурно развивающейся системы здравоохранения автономного округа. В 1999 г. на базе колледжа распоряжением Губернатора округа был создан Ханты-Мансийский государственный медицинский институт». В 2001 г. институт получил лицензию Министерства образования Российской Федерации на право ведения образовательной деятельности в сфере высшего профессионального образования по специальности 040100 - Лечебное дело и дополнительного образования. 
В 2004 г. Федеральной службы по надзору в сфере образования и науки РФ Ханты-Мансийский государственный медицинский институт по результатам комплексной оценки деятельности вуза признан прошедшим государственную аккредитацию по специальности высшего профессионального образования 040100 - Лечебное дело. Были открыты аспирантура по специальностям научных работников 14.00.05 - Внутренние болезни, 14.00.27 – Хирургия, интернатура и клиническая ординатура по хирургии, терапии, акушерству и гинекологии. Деятельность ВУЗа в области подготовки медицинских кадров, научно-исследовательской и лечебно-диагностической работы была признана успешной. 

В 2005 г. институт реорганизован путем присоединения к нему старейшего образовательного учреждения автономного округа - медицинского училища. Медицинское училище было открыто в 1934 году решением Народного комиссариата здравоохранения РСФСР в г. Остяко-Вогульске (ныне г. Ханты-Мансийск) как фельдшерско-акушерская школа для подготовки медицинских кадров из числа коренных народов Севера (ханты, манси, коми, селькупы). На момент присоединения к институту училище готовило фельдшеров, медицинских сестер, акушерок, лаборантов. 

В октябре 2009 года в Ханты-Мансийском государственном медицинском институте Агентством по общественному контролю качества образования и развития карьеры (АККОРК) была проведена экспертиза основных образовательных программ, реализуемых институтом, программ дополнительного профессионального образования, а также условий их реализации, включая оценку результатов учебно-методической и научно-исследовательской деятельности. Результаты экспертизы показали, что институт за 5 лет, прошедшие после проведения комплексной оценки деятельности вуза в 2004 году, достиг значительного прогресса, существенно превысив пороговые значения показателей государственной аккредитации академии. Главным показателем работы любого образовательного учреждения является качество подготовки специалистов. Результаты компьютерного тестирования студентов лечебного факультета по основной образовательной программе 060101.65 – Лечебное дело по 5 дисциплинам выявили показатели выше порогового, что свидетельствует о достаточном, на сегодняшний день качестве образовательного процесса. К научно-исследовательской работе в институте привлечено 19% студентов лечебного факультета. Значительные успехи достигнуты институтом в научно-исследовательской работе, что во многом обусловлено политикой Правительства Ханты-Мансийского автономного округа, имеющей своей целью усиление материальной базы вузов, расположенных на территории округа, и выделение финансовых средств, направляемых через конкурсную систему региональных грантов на выполнение научных исследований, стимулирование подготовки научно-педагогических кадров, написание и издание монографий. Это позволило значительно активизировать и повысить результативность научной работы в институте. Научные исследования в академии выполняются в рамках 3-х отраслей наук: медицинские, биологические, социально-гуманитарные. По итогам научных исследований за последние 5 лет защищено 6 докторских, 15 кандидатских диссертаций, выиграно 18 грантов, получено 8 патентов на изобретение, издано 18 монографий. Таким образом, за прошедший период в институте в среднем за год защищено 6,2 кандидатских и докторских диссертаций в расчете на 100 человек научных и научно-педагогических кадров, подготовлено и издано 7,5 монографий в расчете на 100 основных штатных педагогических сотрудников с учеными степенями и званиями. Эффективность работы аспирантуры, открытой в 2004 году, составила 100%, что означает защиту диссертаций аспирантов не позднее 1 года после окончания обучения в аспирантуре. Доля высоко квалифицированных специалистов, имеющих ученые степени и звания, в составе профессорско-преподавательского состава, привлеченного к реализации программ высшего профессионального образования составила 69%, в том числе 17,9% - доктора наук и профессора, ряд сотрудников имеет почетные звания «Заслуженный деятель науки и образования Российской Федерации», «Заслуженный Врач Российской Федерации», «Заслуженный изобретатель Российской Федерации». На штатной основе в институте работает 86,7% преподавателей при пороговом значении 50,0%. Значительно укрепилась материальная база вуза – в 2008 году введен новый учебный корпус общей площадью около 8000 квадратных метров, закуплено современное лабораторное и учебное оборудование, учебная, методическая и научная литература. 
В декабре 2009 года по результатам проведенной экспертизы образовательных программ, реализуемых институтом, качества подготовки выпускников Федеральной службой по надзору в сфере образования и науки институт был аккредитован как государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования с установлением вида «академия», а в феврале 2010 года - признан прошедшим экспертизу условий осуществления образовательного процесса с выдачей лицензии на право ведения образовательной деятельности до 1 января 2015 года с установлением предельной численности контингента обучающихся, приведенной к очной форме обучения, 1016 человек. 

В настоящее время Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования Ханты-Мансийского автономного округа – Югры «Ханты-Мансийская государственная медицинская академия» представляет собой региональный вуз, учредителем которого является Ханты-Мансийский автономный округ – Югра, полномочия учредителя осуществляет Департамент образования и науки автономного округа. 

В структуре академии действует три факультета: лечебный, среднего медицинского профессионального образования, последипломного образования, объединяющие 31 кафедру, которые обеспечивают подготовку специалистов по программам высшего профессионального образования: 060101.65 - Лечебное дело; среднего профессионального 060101.52 - Лечебное дело, 060102.51 - Акушерское дело, 060109.51 - Сестринское дело, 060110.51 - Лабораторная диагностика; программам интернатуры и ординатуры по специальностям «акушерство и гинекология», «терапия», «хирургия», «онкология», профессиональной переподготовки и повышения квалификации специалистов с высшим и средним медицинским образованием по профилю основных образовательных программ вуза. В аспирантуре академии идет подготовка научно-педагогических кадров по специальностям научных работников: 03.01.04 Биохимия, 03.03.01 Физиология, 03.03.04 Клеточная биология, цитология, гистология, 14.01.04 Внутренние болезни, 14.01.12 Онкология, 14.01.17 Хирургия. 

Сегодня академия располагает 2-мя учебными корпусами, в которых развернуты кафедры медико-биологического, естественно-научного, социально-гуманитарного профилей, учебные и научные лаборатории, компьютерные классы, столовая, спортивный зал. Клинические кафедры располагаются в современных лечебно-профилактических учреждениях города Ханты-Мансийска, оснащенных новейшим высокотехнологическим лечебно-диагностическим оборудованием: Окружной клинической больнице, Окружной клинической больнице восстановительного лечения, Окружные профильные диспансеры. В целом образовательный процесс организован в зданиях и помещениях площадью более 13 тысяч квадратных метров, в составе которых имеются 15 лекционных аудиторий, 56 аудиторий для практических и лабораторных занятий, библиотека с общим фондом более 40 тысяч экземпляров, спортивный зал. Общее количество компьютеров, используемых в учебном процессе 395, в том числе 4 компьютерных класса на 60 персональных ЭВМ, объединенных в локальную сеть, 105 рабочих мест имеет выход в Интернет. 

В академии обучается более 700 студентов, большая часть которых является жителями автономного округа. Отмечен рост студентов, приезжающих для обучения из других регионов России, в первую очередь из городов и поселений Уральского и Сибирского Федеральных округов. Конкурс при поступлении в вуз по результатам приемных экзаменов за последние 5 лет в среднем составил на лечебный факультет более 4 человек, на факультет среднего медицинского профессионального образования - более 2-х человек на одно место. Студенты вуза активно усваивают профессиональные знания, участвуют в научно-исследовательской работе, представляют научные доклады на общероссийских, региональных межвузовских научных конференциях, публикуют результаты своей работе в сборниках и периодической научной печати. 
Сегодня Ханты-Мансийская государственная медицинская академия это молодой, активно развивающийся региональный вуз, который обеспечивает качественную подготовку специалистов в диапазоне высшего, среднего, последипломного профессионального медицинского образования для здравоохранения автономного округа. Главным показателем эффективности деятельности академии и ее гордостью является ее выпускники, подавляющая большинство которых успешно работает по специальности в лечебно-профилактических учреждениях Ханты-Мансийского автономного округа - Югры.