на базе военно-химического отделения военно-технической академии РККА и второго химико-технологического института. Формирование академии завершилось к 1 октября 1932 г. В ее состав вошли: военно-инженерный, специальный и промышленный факультеты.

Начальником академии был назначен корпусной комиссар Яков Лазаревич Авиновицкий, участник Гражданской войны, один из организаторов системы подготовки военных кадров для Красной Армии, военный комиссар Московских курсов газотехников, начальник Высшей военно-химической школы и директор 2-го Московского химико-технологического института, доктор педагогических наук, профессор.

Академия была укомплектована профессорско-преподавательскими кадрами, способными не только обеспечить высокий уровень подготовки слушателей, но и успешно решать сложные научные проблемы, которые выдвигали интересы обороноспособности страны.

13 мая 1933 г. (к первой своей годовщине) академия превратилась в жизнеспособное сплоченное высшее военно-учебное заведение, способное качественно решать задачи по подготовке офицерских кадров - военных химиков. Во вторую годовщину за успехи, достигнутые в учебно-воспитательном и научно-исследовательском процессах, Реввоенсовет СССР удостоил Военно-химическую академию РККА почетного звания имени Наркома по военным и морским делам Маршала Советского Союза К.Е. Ворошилова (приказ № 31 от 1934 г.).

Приказом Наркома обороны № 125 от 19 августа 1937 г. академия была переименована в Военную академию химической защиты РККА имени К.Е. Ворошилова.

Имея высококвалифицированный научный потенциал, академия быстро становится крупным учебным и научным центром Вооруженных Сил страны, инициатором научных разработок проблем вооружения химических войск и средств защиты. Идет бурный процесс формирования новых научных школ в результате, которого, выросла целая плеяда выдающихся ученых, прославивших отечественную химическую науку не только в своей стране, но и за рубежом. 

Академия заслуженно гордится такими выдающимися учеными, такими как академики Академии наук СССР: Брицке Э.В., Вольфкович С.И., Шарыгин П.П., Кондратьев В.Н., Кнунянц И.Л., Дубинин М.М., Фокин А.В., Романков П.Г. 

Высокого звания Героя Социалистического труда удостоены выпускники академии: Патоличев Н.С., Щербицкий Л.А., Кунцевич А.Д., Лепинь Л.К., Мартынов И.В., Николаев К.М. 

Выпускники Академии защищали интересы страны в вооруженных конфликтах у реки Халхин-Гол и на Карельском перешейке, героически сражались в годы Великой отечественной войны, с честью выполняли свой воинский долг в Афганистане, в ходе контртеррористической операции на Северном Кавказе, при ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС.

Родина высоко оценила заслуги личного состава академии. Звания Героя Советского Союза были удостоены: Жидких А.П., Лев Б.Г., Линев Г.М., Мясников В.В., Чиковани В.В.

Благодаря самоотверженному и героическому труду этих людей наша страна занимала лидирующее положение в теории и практическом создании новых химических технологий в промышленности минеральных удобрений, искусственных волокон, целлюлозы и бумаги, мономеров и полимеров, лекарственных препаратов, адсорбентов. Их фундаментальные теоретические труды и учебники легли в основу подготовки нескольких поколений ученых и специалистов для учебных, научных учреждений промышленности государства.

Война с германским фашизмом потребовала перестроить весь уклад жизни академии, исходя из потребностей действующей армии и фронта. Сокращены до минимума сроки подготовки специалистов: на командном факультете – до одного года, на инженерном – до двух лет. Второй курс инженерного факультета был переведен на сокращенный срок обучения по профилю командного факультета. Лишь первый курс инженерного факультета продолжал учебу по нормальному учебному плану.

Сразу с первых месяцев войны академия произвела досрочный выпуск слушателей.

В июле 1941 г. были выпущены 72 слушателя, закончивших 4 курса с дипломами об окончании академии, и назначены в действующую армию.

В октябре того же г. были выпущены третьекурсники (79 человек), которые до выпуска прошли краткосрочные курсы начальников химической службы при командном факультете. 

К концу 1941 г. перед академией были поставлены новые задачи и определены сроки обучения на факультетах. 

Командный факультет стал готовить:

начальников химической службы дивизии из числа кадровых командиров химической службы химических войск со сроком обучения 6 месяцев;

командиров и начальников штабов батальонов химической защиты из числа кадровых командиров химических войск со сроком обучения 6 месяцев;

начальников химической службы полков и дивизии из числа студентов, имеющих химическое образование со сроком обучения 9 месяцев.

Инженерный факультет готовил:

начальников снабжения химическим имуществом дивизии и работников складов со сроком обучения 9 месяцев;

помощников командиров батальонов химической защиты по технической части со сроком обучения 9 месяцев;

инженеров приемного аппарата со сроком обучения 1 год.

В 1958 году распоряжением Совета Министров СССР от 27 мая 1958 г. №2052-РС наименование Военной академии химической защиты имени К.Е.Ворошилова изменено на Военную академию химической защиты (приказ МО СССР от 3 июня 1958 г. №0119).

За большие заслуги в подготовке офицерских кадров для Вооруженных Сил СССР и в связи с 50-летием Советской Армии и Военно-Морского Флота Указом Президиума Верховного Совета СССР от 22 февраля 1968 г. (приказ Министра обороны СССР от 22 февраля 1968 г. №23) академия награждена орденом Красного Знамени (№ ордена - 550947).

В торжественной обстановке 7 марта 1968 г. первый заместитель Министра обороны генерал армии С.Л. Соколов, впоследствии Маршал Советского Союза, от имени Президиума Верховного Совета СССР вручил академии орден Красного Знамени и Грамоту Президиума Верховного Совета.

В целях увековечивания памяти Маршала Советского Союза С.К. Тимошенко Постановлением Совета Министров СССР от 19 мая 1970 г. №344 (приказ МО СССР от 11 июня 1970 г. №140) академии присвоено имя Маршала Советского Союза С.К.Тимошенко и впредь академия стала именоваться: «Военная Краснознаменная академия химической защиты имени Маршала Советского Союза С.К.Тимошенко».

Отмечая успехи в подготовке высококвалифицированных офицерских кадров для Советских Вооруженных Сил, Президиум Верховного Совета РСФСР в мае 1972 г. наградил академию Почетной грамотой.

За высокие показатели в боевой и политической подготовке и в ознаменование 50-летия образования СССР ЦК КПСС, Президиум Верховного Совета СССР в декабре 1972 г. наградил академию Юбилейным почетным знаком.

11 сентября 1982 г. академии был вручен заместителем Министра обороны СССР Маршалом Советского Союза Соколовым С.Л. орден Октябрьской революции. 

За организацию работ по ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС начальник химических войск МО СССР генерал-полковник Пикалов В.К. удостоен звания Героя Советского Союза.

Период 1996-2002 гг. характеризуется наиболее активным сокращением численности Вооруженных Сил в соответствии с концепцией военного строительства в Российской Федерации. Первый этап реформы (1998-2000) предполагал создание необходимой базы для последовательного перехода к новой системе военного образования, второй этап (2001-2005) – создание целостной системы государственного кадрового заказа на подготовку военных специалистов.

Итогом первого этапа явилось Постановление Правительства РФ от 29 августа 1998 г. № 1009 «О военных образовательных учреждениях профессионального образования МО РФ». Этим постановлением Военная академия химической защиты им. Маршала Советского Союза С.К. Тимошенко преобразована в Военный университет радиационной, химической и биологической защиты. В состав университета были включены:

Костромской филиал (созданный на базе Костромского высшего военного командного училища химической защиты);

Тамбовский филиал (созданный на базе Тамбовского высшего военного командного училища химической защиты). 

Еще до преобразования в Военный университет академия с 1 сентября 1998 г. была переведена на новый штат, который отражал минимальный состав управленческого аппарата, факультетов, кафедр, научных и других подразделений.

В соответствии с приказом Министра обороны Российской Федерации от 19 января 2003 г. №22 изменено действительное наименование университета: Военный университет радиационной, химической и биологической защиты имени маршала Советского Союза С.К.Тимошенко (г. Москва).

В соответствии с распоряжениями Правительства Российской Федерации № 937-р от 9 июля 2004 г., № 1625-р от 15 декабря 2004 г. и приказа Министра обороны Российской Федерации № 35 от 7 февраля 2005 г. «Военный университет радиационной, химической и биологической защиты имени Маршала Советского Союза С.К.Тимошенко (г. Москва)» преобразован в государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования, в «Военную академию радиационной, химической и биологической защиты имени Маршала Советского Союза С.К. Тимошенко» с переходом прав и обязанностей в соответствии с разделительным балансом.

В соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации № 126-р от 2 февраля 2006 г. принято решение о передислокации государственного образовательного учреждения высшего профессионального образования – Военной академии радиационной, химической и биологической защиты имени Маршала Советского Союза С.К. Тимошенко из г. Москвы в г. Кострому.

В соответствии с Распоряжением Правительства Российской Федерации от 10 апреля 2006 года, принято предложение Министерства обороны Российской Федерации, о реорганизации Государственного образовательного учреждения высшего профессионального образования Костромского высшего военного командно-инженерного училища РХБ защиты (военного института) и Военной академии РХБ защиты имени Маршала Советского Союза С.К.Тимошенко (г. Кострома).

В соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации № 473-р от 10 апреля 2006 г. и директивой Министра обороны Российской Федерации № Д-30 от 18 мая 2006 г. об организационных мероприятиях, проводимых в войсках радиационной, химической и биологической защиты в 2006 году, переформировать к 1 августа 2006 г. Костромское высшее военное командно-инженерное училище радиационной, химической и биологической защиты (военный институт) (МВО) в структурное подразделение Военной академии радиационной, химической и биологической защиты имени Маршала Советского Союза С.К. Тимошенко (г. Кострома).

В соответствии с Указом президента Российской Федерации от 18 декабря 2006 г. № 1422 «О боевом знамени воинской части» 12 июня 2007 г. Военной ордена Октябрьской Революции, Краснознаменной академии радиационной, химической и биологической защиты имени Маршала Советского Союза С.К.Тимошенко было вручено Боевое знамя как официальный символ и воинская реликвия, олицетворение чести, доблести, славы и боевых традиций и выдана Грамота Президента Российской Федерации, подписанная 5 июня 2007 г.

В соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации от 24 декабря 2008 года № 1951-р Саратовский военный институт биологической и химической безопасности, Нижегородское высшее военно-инженерного командное училище (военный институт) и Тюменское высшее военно-инженерного командное училище (военный институт) присоединены к Военной академии РХБ защиты имени Маршала Советского Союза С.К.Тимошенко (г. Кострома) с последующим именованием академии: «Военная академия войск РХБ защиты и инженерных войск имени Маршала Советского Союза С.К.Тимошенко» в качестве обособленных структурных подразделений. Распоряжение Правительства Российской Федерации от 11 ноября 2009 года № 1695-р созданы филиалы ВА РХБЗ и ИВ расположенные в городах (Кстово ) Нижегородская область и Тюмень.

Распоряжением Правительства Российской Федерации от 27 сентября 2011 года № 1639-р академии изменен тип образовательной организации. Академия стала именоваться федеральным государственным казенным военным образовательным учреждением высшего профессионального образования «Военная академия войск РХБ защиты и инженерных войск имени Маршала Советского Союза С.К.Тимошенко» Министерства обороны Российской Федерации.

Приказом Министра обороны Российской Федерации от 23 марта 2012 года № 610 филиалы ВА РХБЗ и ИВ, расположенные в городах (Кстово) Нижегородская область и Тюмень были ликвидированы к 1 июля 2012 года. С 1 июля 2012 года был создан филиал ВУНЦ СВ «Общевойсковая академия ВС РФ» в г. Тюмень.

Распоряжением Правительства Российской Федерации от 3 июня 2013 года № 895-ракадемия вновь стала именоваться «Военная академия радиационной, химической и биологической защиты имени Маршала Советского Союза С.К.Тимошенко (г. Кострома)»