Йошкар-Оле Межрегионального открытого социального института было продиктовано острой необходимостью, которую экономика Республики Марий Эл испытывала в высококвалифицированных кадрах новой формации. Для преподавания в МОСИ были привлечены преподаватели государственных вузов Марий Эл, Татарстана, Чувашии, Мордовии и других регионов. Сегодня в вузе работает 63 штатных преподавателей, среди которых кандидаты и доктора наук, известные в Марий Эл и России высококвалифицированные специалисты-практики.

Институт первоначально осуществлял свою деятельность как Некоммерческое партнерство «Межрегиональный открытый социальный институт» (дата создания – 13.04.2001 г.).

14.03.2006 г. Некоммерческое партнерство «Межрегиональный открытый социаль-ный институт» реорганизовано в форме преобразования в Автономную некоммерческую образовательную организацию «Межрегиональный открытый социальный институт» (решение Общего собрания учредителей от 26.02.2006 г., протокол №1).

В 2007 году МОСИ получил сертификат, удостоверяющий, что система менеджмента качества применительно к разработке и предоставлению образовательных услуг в области высшего и дополнительного профессионального образования соответствует требованиям ГОСТ Р ИСО 9001-2001 (ИСО 9001:2000). В 2010 году МОСИ прошел сертификацию по новым международным стандартам ГОСТ Р ИСО 9001-2008 (ИСО 9001:2008).

В 2008 году МОСИ прошел процедуру государственной аккредитации, получил официальный статус института и право равноправной деятельности среди государственных высших учебных заведений не только в Марий Эл, но и за ее пределами. Выпускники Межрегионального открытого социального института наравне с выпускниками государственных учебных заведений получают дипломы государственного образца.

29 января 2009 г. АНО ВПО «Межрегиональный открытый социальный институт» переименовано в Автономную некоммерческую организация высшего профессионального образования "Межрегиональный открытый социальный институт" (решение Общего собрания учредителей от 28.11.2008 г., протокол №4). 

27 августа 2015 г. в соответствии с Федеральным законом от 29 декабря 2012г. №273-ФЗ «Об образовании в Российской Федерации» решением Общего собрания учредителей (протокол №3 от 27 августа 2015г.) автономная некоммерческая организация высшего профессионального образования «Межрегиональный открытый социальный институт» переименована в Автономную некоммерческую организацию высшего образования "Межрегиональный открытый социальный институт".

Первый выпуск студентов Межрегионального открытого социального института состоялся в июле 2008 года по пяти специальностям: «Менеджмент организации», «Бухгалтерский учет, анализ и аудит», «Статистика», «Документоведение и документационное обеспечение управления», «Комплексная защита объектов информатизации». А первый ректор МОСИ - доктор экономических наук, кандидат педагогических наук, профессор Михаил Николаевич Швецов.