Располагался институт на станции Иннокентьевская (ныне Иркутск-Сортировочный). Молодая страна переоценила свои силы. Уже в 1934 году многие вузы, в том числе и ИрГУПС, были укрупнены. Его перевели и объединили с Новосибирским институтом инженеров пути.

Второе рождение института относится к послевоенному году, когда развернулись великие стройки Сибири. В Иркутске был открыт учебно-консультационный пункт (УКП) Всесоюзного заочного института инженеров железнодорожного транспорта (г. Москва). УКП был передан Хабаровскому институту. В 1961 году он получил статус филиала, а в 1962 передан Новосибирскому институту инженеров железнодорожного транспорта.

В постановлении ЦК КПСС и Совета Министров СССР №533 от 9 мая 1963 г. записано об образовании в г. Иркутске самостоятельного института инженеров железнодорожного транспорта. Открытие же его состоялось лишь через 12 лет.

Первым ректором института был утверждён в 1975 году Поздеев В.Н., профессор, почётный железнодорожник, заведующий кафедрой "Путь и путевое хозяйство". В последующем ректорами института были профессор Гура Г.С. и доцент Рыжиков В.Г. С 1987 по 2002 институт возглавлял Сурков Л.П., профессор, заслуженный работник транспорта, почётный железнодорожник, почётный работник высшего образования.

Решением аккредитационной коллегии Минобразования России от 13.02.2002 № 1-2002 Иркутский институт инженеров железнодорожного транспорта был признан прошедшим аттестацию и аккредитован на срок до 13 февраля 2007 года с установлением государственного аккредитационного статуса по типу "высшие учебное заведение" вида "университет".

С 25 июня 2002 года ректором университета стал доктор технических наук, профессор, член-корреспондент Российской инженерной академии Хоменко А.П.

Распоряжением Правительства РФ от 1 декабря 2005 года Иркутский государственный университет путей сообщения был реорганизован в регионально-отраслевой университетский комплекс с филиалами в 5 субьектах Российской Федерации.

Повторная аккредитация Иркутского государственного университета путей сообщения (решением аккредитационной коллегии Минобрнауки России от 22.12.2006 № 2686) была пройдена на срок до 2011 года.