Одним из важнейших условий совершенствования деятельности таможенных органов Российской Федерации стало создание эффективно действующей системы подготовки, переподготовки и повышения квалификации кадров.

Идея создания в СССР специального высшего таможенного учебного заведения зародилась еще в конце 80-х г.г прошлого века. Так 1989 г. был открыт Институт повышения квалификации (ИПК) и переподготовки работников таможенных учреждений, в этот же период началась активная подготовка учредительных документов по открытию Российской таможенной академии, принципиально нового, уникального высшего учебного заведения.

25 октября 1991 г. был создан Государственный таможенный комитет Российской Федерации, тем самым роль таможенной службы значительно увеличилась, в ее ряды начали привлекаться десятки тысяч человек, ранее не знакомых с работой таможни, и задача по подготовке профессиональных кадров стала одной из первоочередных.

В результате чего, Постановлением Совета Министров - Правительства Российской Федерации от 22 сентября 1993 г. № 940 была создана Российская таможенная академия, которой был присвоен статус федерального государственного учреждения.

К моменту ее создания во всем мире высшее образование по таможенным наукам обеспечивали только Таможенная академия в Малайзии, созданная в 1957 г., и два учебных центра в Германии. В середине 90-х годов к ним присоединился Шанхайский таможенный институт (Китай).

Первым начальником Академии стал доктор философских наук, профессор Николай Михайлович Блинов, крупный ученый в области социологии труда, политологии и других наук, под руководством которого была создана научная школа Академии.Как талантливый организатор и педагог, Николай Блинов внес большой вклад в концептуальное обоснование деятельности Академии.

Вскоре, приказами ГТК РФ от 15 июля 1994 г. был создан Санкт-Петербургский филиал Академии, от 21 декабря 1994 г. – Владивостокский филиал Академии, а приказ от 30 июня 1995 г. положил начало развитию Ростовского филиала.

Первый учебный год в Академии начался 2 октября 1994 г.Академия приобретает право юридического лица с момента ее государственной регистрации, которая произведена администрацией Люберецкого района Московской области от 5 февраля 1996 г. (свидетельство № 152).

С первого дня создания Академия и ее филиалы были ориентированы на подготовку специалистов в соответствии с международной стандартной квалификацией образования, принятой ЮНЕСКО, и используют в этих целях возможности действующей в Российской Федерации многоуровневой системы высшего образования.

Российская таможенная академия является головным учебным, научным и методическим центром профессионального образования кадров для таможенной службы России и государств-членов Единого экономического пространства (ЕЭП).

Накопленный опыт Академии позволяет готовить таможенные кадры с использованием новейших образовательных и информационных технологий, соответствующих современному международному уровню, таких как:

• комплекс средств автоматизации образовательного процесса «Таможня», обеспечивающий проведение основных компьютерных форм обучения в Федеральной таможенной службе на основе применения элементов единой защищенной информационно-образовательной среды ФТС России, а также автоматизацию основных учебных процессов в Академии;
• многофункциональный обучающий комплекс «Ситуация», позволяющий анализировать и моделировать различные процессы в области таможенного дела. Комплекс используется для подготовки (переподготовки) должностных лиц таможенных органов;
• информационно-справочная система академии, основной целью которой является обеспечение комплекса информационных услуг для повышения эффективности образовательного процесса и обеспечения всех сторон жизнедеятельности Академии;
• разрабатывается комплексная тренажёрная система «Инспектор», позволяющая обеспечивать индивидуализацию обучения студентов Академии и ее филиалов. Комплекс дает возможность обучать специалистов таможенных органов на рабочих местах, не отвлекая их от исполнения прямых обязанностей.

В настоящее время в условиях оснащения таможенных органов самыми современными информационными технологиями в Академии кардинально изменен подход ко всем видам студенческой практики, она стала значительно насыщенней, более углубленной, позволяющей вырабатывать устойчивые практические навыки в выполнении таможенных процедур, тем самым, более предметно готовить выпускника к самостоятельной работе.

Таможенная академия располагает самыми современными учебными классами для проведения лекционных и практических (семинарских) занятий, а также техническими средствами обучения.