Башкортостан ещё в двадцатых годах прошлого века, став первым участником формирования РСФСР как федеративного государства, сразу начал реализацию планов по обучению жителей республики управленческому труду. В мае 1919 года были открыты курсы, переименованные впоследствии в Уфимскую губернскую партийную школу, а далее в Уфимский губернский рабоче-крестьянский университет.

В 1941 году постановлением бюро Башкирского обкома ВКП(б) была открыта двух- и трехгодичная партшкола, переименованная в 1958 году в Уфимскую высшую партийную школу. Вплоть до момента распада СССР в 1991 году в Уфе активно работали курсы переподготовки и повышения квалификации советских и партийных работников. Закономерно, что после провозглашения государственного суверенитета республики потребность в собственном учебном заведении по подготовке руководящих кадров особенно возросла.

Академия была создана постановлением Совета Министров Башкирской ССР от 9 августа 1991 года №189 как Башкирская коммерческая академия. В 1993 году Академия получает новое название - Башкирская академия управления. В 1994 году учредителем учебного заведения становится Президент Республики Башкортостан, при этом утверждается современное официальное название Академии по Уставу - Государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Башкирская академия государственной службы и управления при Президенте Республики Башкортостан".

Башкирская академия государственной службы и управления при Президенте Республики Башкортостан является единственным специализированным высшим учебным заведением республики по подготовке профессиональных кадров для государственной и муниципальной службы, а также менеджеров для различных отраслей экономики Башкортостана. Сегодня Академия осуществляет многоуровневое обучение студентов и слушателей по программам высшего, послевузовского и дополнительного профессионального образования, повышения квалификации, а также реализует республиканские и федеральные программы подготовки кадрового резерва.

Практика подтверждает, что выпускники Академии востребованы, а полученное ими образование способствует достижению успехов в профессиональной деятельности.

Свое 20-ти летие, отмеченное в торжественной обстановке в 2011 году, Академия достойно встретила передовыми позициями в сфере высшего профессионального образования не только в Башкортостане, но и за ее пределами.

С 1998 года Академия является участником Федеральной программы подготовки управленческих кадров для организаций народного хозяйства Российской Федерации совместно с ведущими вузами республики - Уфимским государственным авиационным техническим университетом и Уфимским государственным нефтяным техническим университетом по специальностям: «Стратегический менеджмент», «Антикризисное управление», «Финансовый менеджмент», «Маркетинг», «Производственный менеджмент», «Инновационный менеджмент». 
Академия регулярно организует социальные исследования по заданиям Администрации Президента, Государственного Собрания – Курултая Республики Башкортостан, министерств и ведомств республики, проводит международные и всероссийские научно-практические конференции, семинары, «круглые столы», тренинги, курсы повышения квалификации. 
Партнерами Академии являются высшие учебные заведения Германии ( Немец-кая академия менеджмента Нижней Саксонии DMAN, Дрезденский Технический Уни-верситет, Экспортная Академия Баден-Вюртенберг), учебные заведения Великобритании (Coventry University, Hult International Business School ), Академия управления при Президенте Республики Беларусь, Академия государственной службы при Президенте Республики Казахстан, NISPAcee ( Институты и школы государственного управления в Центральной и Восточной Европе).