Тогда в Ленинграде в комплексе зданий городской детской больницы был открыт Институт охраны материнства и младенчества. Организация и становление института по мнению историков медицины— заслуга его первого директора Юлии Ароновны Менделевой (1883—1959). Она бессменно руководила институтом со дня его основания по 1949 год, в том числе и в годы блокады. В 1949 году Ю. А. Менделева была репрессирована, а в институте прошли массовые увольнения.

В 1925 году в институте было три клиники, 11 лечебных отделений, дом грудного ребёнка, дом малюток, распределитель для детей, амбулатория, детская консультация и молочная станция. Позже амбулатория была реорганизована в детскую поликлинику.

С 1928 года усиливается научная работа и создаются первые кафедры (физиологии, социальной гигиены женщины и ребёнка, гигиены и диетики раннего возраста, патологии детского возраста, рентгенологии, детского туберкулеза, острых детских инфекций), открывается аспирантура. Институт перепрофилируется в НИИ охраны материнства и младенчества — этот статус сохраняется до 1932 года.

В 1932 году на базе НИИ создается вуз «Больница-медвуз». В него переводят факультет охраны материнства из Первого медицинского института и открывают прием на первый курс.

В 1935 году «Больница-медвуз» преобразуется в Ленинградский педиатрический медицинский институт (ЛПМИ). Институт становится первым в мире специализированным вузом, где уже со студенческой скамьи готовят педиатров.

В 1936 году состоялся первый выпуск.

Во время войны, в блокаду, институт не прекращал работу. В клиниках лечились больные и истощенные дети; многих из них спасло организованное при институте подсобное хозяйство. Кроме того здесь был открыты госпитали, продолжалось обучение студентов, велась научная работа. По планам немецкого командования Педиатрический институт подлежал уничтожению: на военных картах вермахта он был обозначен, как объект N708.

В 1994 институт получил статус академии.

В послевоенные годы институтом руководили: Н. Т. Шутова (1950—1960), Е. П. Семёнова (1960—1965), Г. А. Кайсарьянц (1965—1975), Г. А. Тимофеева (1975—1984), В. П. Алферов (1984—1991), М. В. Неженцев (1991—1999), В. И. Гузева (1999), с 1999 — В. В. Леванович.

Многие сотрудники института являлись и являются учеными мирового масштаба (уровень h-index). Здесь следует упомянуть профессоров Е. И. Шварца (????—1998), И. М. Воронцова (1937—2006), Г. А. Баирова, В. А. Цинзерлинга, Е. К. Цыбулькина, А. В. Папаяна, М. И. Фонарева, более молодых сотрудников, работающих в настоящее время на Западе в ведущих университетах А. А. Грома, А. Ю. Руднева, и других. Профессор И. М. Воронцов является единственным в России педиатром, который был удостоен чести быть действительным членом Королевского Колледжа Врачей Великобритании (FRCP Edinburgh).

В настоящее время планируется изменение статуса академии на университет, в академии открыты новые образовательные программы (в дополнение к 4 факультетам: педиатрическому, лечебному, стоматологическому и клинической психологии): биофизика и высшее сестринское образование. Также планируется открытие медико-профилактического факультета.

27 апреля 2012 года академия получила статус университета.

5 февраля 2013 года открыт новый корпус Перинатального Центра, воздвигнутый на месте старого акушерского здания.