Подготовка научно-педагогических и научных кадров осуществляется в докторантуре, адъюнктуре и путем соискательства. В академии работают четыре диссертационных совета, которые принимают к защите диссертации по 8 научным специальностям в 5 отраслях наук (военных, философских, политических, экономических и исторических).

Научные исследования, проводимые сотрудниками академии, направлены на упреждающее решение проблем военной безопасности России, строительства, подготовки и применения Вооруженных Сил во взаимодействии с другими войсками и органами Российской Федерации. С этой целью в составе академии имеются:

• научно-исследовательский институт (военной истории), который проводит фундаментальные, проблемно-поисковые и прикладные исследования в области всеобщей и отечественной военной истории;

• научно-практический центр, выполняющий исследования в области развития теории и внедрения методов военно-профессиональной ориентации и профессионального отбора призывников и военнослужащих; 

• научно-исследовательский центр, который организует, планирует и координирует научную работу, подготовку научно-педагогических кадров в академии, а также проводит научные исследования по актуальным проблемам военной науки и практики.