Школа создана по инициативе группы родителей и учителей, вдохновлённой идеями вальдорфской педагогики и 80-летним положительным опытом работы европейских вальдорфских школ. Школа начала работать 1 сентября 1991 года.
Школа росла и развивалась «снизу»: каждый год открывалось по одному первому классу, на втором году работы открылась дошкольная группа.

Учителя школы проходили обучение в очно-заочной форме на семинарах в Москве и С-Петербурге в дополнение к своему основному образованию.

В 1993 году у школы появилась партнёрская вальдорфская школа в Штуттгарте «Michael Bauer Schule». Завязался многолетний творческий педагогический обмен.

В 1994 году с целью содействия развитию школы родителями была создана и зарегистрирована общественная организация «Благотворительный фонд содействия развитию вальдорфской системы образования».

[Родители делают игрушки для детей] В 1994 году проект творческой группы учителей (Е.В.Ивашкина, С.П.Ивашкин, Н.В.Халезина) «Свободная школа – новый социальный организм» получил грант и лауреатство международного фонда «Культурная инициатива».

В этом же году было получено и звание лауреата на городском фестивале инновационных школ. Весной 1995 года группа первых учителей школы приняла участие в Международной Конференции учителей вальдорфских школ в Дорнахе (Швейцария).

В 1996 году получили руины бывшего детского сада по улице Буянова, требующие полной реконструкции. Силами родителей начали его капитальный ремонт. Средства на ремонт позже были получены из районного и городского бюджетов, а также помогали фонды, поддерживающие инновационные образовательные инициативы во всём мире.

В этом же году Школа получила разрешение от Союза вальдорфских школ официально использовать слово «вальдорфская» в названии школы, о чём был заключён соответствующий договор.

В декабре вышел первый номер школьного журнала «Двенадцать месяцев»: статьи о психологии детей, школьной жизни, детские стихи и рисунки.

В августе 1998 года группой взрослых и школьников был впервые организован летний лагерь на острове в одном из притоков Волги, ставший впоследствии традиционным. Там работали художественно-ремесленные мастерские и прошла ролевая игра.

В 1998 году школа получила статус Федеральной экспериментальной площадки Министерства образования РФ.

В феврале 2000 года въехали в новое отремонтированное здание школы. В ремонте кроме профессиональных строителей принимали участие учителя, ученики, родители школы, школьники из Германии и Швейцарии.

В 2000 году школа и учителя с помощью инициативных родителей из Совета партнёрской школы в Штуттгарте получила от немецкого правительства грант на приобретение оборудования для учебного процесса.

С 2000 года учитель школы С.П.Ивашкин делегирован в Европейский Совет Вальдорфского Образования от российских вальдорфских школ.

Школа стала членом Интернациональной Ассоциации вальдорфской педагогики в странах Центральной и Восточной Европы.

В 2001 году на базе школы начал работу Информационный Центр Ассоциации Вальдорфских Школ России. Летом 2001 года школа сделала первый выпуск. Все выпускники поступили в ВУЗы.

Школа получила предложение от Министерства образования через институт образовательной политики «Эврика» создать на своей базе Центр повышения квалификации. Была создана, прошла экспертизу и апробацию программа повышения квалификации «Гуманизация образования средствами вальдорфской педагогики».

В сентябре 2001 года школа отпраздновала своё десятилетие. В рамках праздника прошла международная конференция «Чему и как учить детей в XXI веке». В Филармонии состоялся концерт школьников, учителей и родителей.

В 2002 году - стала дипломантом конкурса программ и проектов на VI Московской международной выставке-форуме «Школа».

В сентябре 2006 года приказом Департамента образования на базе школы был открыт и начал свою работу Методический Центр для повышения квалификации учителей школ города.
В октябре 2008 года впервые в школе прошла открытая общегородская родительская конференция «Сознательное родительство», которая стала с тех пор ежегодной, традиционной.

С 2010 года начаты лонгитюдные независимые психологические исследования результатов работы школы.

В 2011 году отпраздновали 20-летие школы проведением международной научно-практической конференции «Здоровое образование – здоровое общество».

В 2012 году на базе школы начал свою работу 4-годичный семинар по подготовке учителей для работы в вальдорфских школах.

В 2013 году школа получила Почётный Диплом победителя всероссийского конкурса «100 лучших предприятий и организаций России – 2013» в номинации «Лучшее учебное заведение».