Средняя общеобразовательная школа № 46 – одна из старейших школ города Уфы, берет свое начало со школы-семилетки, открытой 1 сентября 1936 года в Затоне Октябрьской революции по адресу: ул.Юмашева, 268 (в последствии ул.Ахметова).
Шли годы, школа развивалась, и в 2009-2010 учебном году подтвердила свой статус, успешно пройдя аккредитацию. Инновационные изменения последних лет легли в основу решения педагогического коллектива об изменении статуса учреждения на лицей. В 2010 -11 учебном году аккредитация по изменению статуса была успешно пройдена и школа получила статус лицея. В это же время школа перешла на автономию, став муниципальным автономным общеобразовательным учреждением.
Учреждение является некоммерческой организацией, созданной для выполнения работ, оказания услуг в сфере образования.
Учреждение является юридическим лицом, находится в ведении Управления образования Администрации городского округа город Уфа Республики Башкортостан и отдела образования Администрации Ленинского района городского округа город Уфа Республики Башкортостан.
.Учредителем Учреждения является городской округ город Уфа Республики Башкортостан.