Дата создания образовательной организации:
► ГБОУ Школа №1321 «Ковчег» была создана в 1990 году по инициативе специалистов и группы родителей, чьи дети получали реабилитационные и образовательные услуги в Центре лечебной педагогики города Москвы.
► В 1991 году по приказу Департамента образования г. Москвы школа приобрела статус общественно-государственной, а с 1993 года, статус государственного образовательного учреждения.
► 26 сентября 2013года (ОГРН 1137746885462) в процессе реорганизации трёх учреждений: ГБОУ СОШ «Школа здоровья» №1321 «Ковчег», ГБОУ детский сад №125 и ГБОУ детский сад №1735 была создана ГБОУ СОШ №1321 «Ковчег» (Приказ Департамента образования города Москвы от 23.04.2013г. №182)
► ГБОУ СОШ №1321 «Ковчег» реорганизовалась в ГБОУ Школа №1321 «Ковчег» путем присоединения к нему ГБОУ детский сад №763 (Приказ Департамента образования города Москвы от 06.11.2013г. №667)
Школа является победителем конкурса общеобразовательных учреждений, внедряющих инновационные образовательные программы в рамках приоритетного национального проекта «Образование» и победителем городского конкурса «Строим школу будущего».
В 2016 году школа стала лауретом II степени Всероссийского конкурса "Лучшая инклюзивная школа России"