Она была сформирована из 3-х школ: 21 (в настоящее время – здание детдома по ул. Кустарной), 23 школы, которая находилась в деревянном здании около кинотеатра «Йондоз», 20 школы, существующей сейчас на прежнем месте по улице Мингажева.

Первый выпуск 10-го класса был в 1939 году. Всего было 3 десятых класса. 20 июня 1939 года состоялся первый выпускной вечер, на котором присутствовало 100 человек. Директором школы в то время была Дунаева Фёкла Прохоровна (с 15 сентября 1937 года по 01 сентября 1944 года), завучем – Лавров А.А. и Глухов В.А. Из первых выпускников в школе работали: Ивлева Антонина Александровна – преподавателем математики, Логинов Пётр Яковлевич – преподавателем физики.  Из 81 ученика на «хорошо» и «отлично» окончили школу 28 человек. Часть выпускников 1939 года сразу же направилась по трудовому пути, а некоторые выпускники поступили в высшие военные заведения. Многие юноши пополнили ряды нашей Красной Армии, поступив в военные школы. Первые комсомольцы школы принимали активное участие в общественной жизни, были активистами субботников и воскресников. Комсомольцы были организаторами вечеров, неоднократно выезжали с концертами на предприятия, стройки и в колхозы.

Но мирный труд и учёба были прерваны вероломным нападением гитлеровской Германии. Началась Великая Отечественная война 1941 – 1945 гг. Ввиду начавшейся Великой Отечественной войны здание школы было отведено под госпиталь, а школа была размещена в нескольких зданиях: в школах № 21 и 23, в здании по ул. Цюрупы, 20, по ул. Будённого (ныне улица Мингажева), 21, в здании по ул. Кустарной, где ныне располагается детдом. Госпиталь находился в школьном здании с 1942 по 1945 гг. Раненых этого госпиталя обслуживали учащиеся школы № 44. Пионеры писали письма от имени раненых их родным, делали различные подарки раненым, устраивали концерты. 

Учащиеся школы № 44 в годы Великой Отечественной войны проделали огромную работу. Они работали на сельскохозяйственных работах в различных районах Башкирии. Первая поездка состоялась в июне 1941 года в Мелеузе. Перед жителями Мелеуза ребята выступили с концертами. Первый концерт прошёл при свете костров. В течение двух месяцев учащиеся пололи огороды и поля, убирали сено. С заданием справились отлично, получили премию. Ребят провожал весь совхоз. Учащиеся, которые не могли принять участие в сельхозработах в колхозах и совхозах, ходили убирать овощи в пригородное хозяйство второго торга. Учащиеся 5-х, 6-х, 7-х классов работали на военных складах. В течение двух лет убирали сено, пололи, возили зерно в колхозе Давлекановского района. В Шарипово веяли, убирали хлеб. Несмотря на все трудности, проводили пионерские сборы, соревновались с красноармейцами, устраивали концерты художественной самодеятельности в госпиталях. Застрельщиками и организаторами всех этих дел были комсомольцы. В подшефный госпиталь, который находился в здании, где в настоящее время находится школа № 44, отдали библиотеку, часто посещали раненых, читали воинам книги. 

В годы войны многие из числа учащихся ушли на фронт: Егоров Михаил, Федотов Клим, Бузов Сергей и другие. В 1941 году Ивановский Михаил, ученик девятого класса, комсомолец ушёл добровольцем на фронт, стал командиром партизанского отряда и в неравном бою пал смертью храбрых. В 1944 году посмертно награждён серебряной медалью партизана 1 степени. О нём рассказывается и имеется богатый материал в краеведческом музее. Те, которые не были на фронте, ковали оружие для разгрома врага, другие своим трудом на предприятиях мирной продукцией тоже вносили свой вклад в общее дело победы над врагом. Некоторые продолжали учёбу.

Школа № 44 всегда находилась на передовой инновации и нововведений педагогической мысли, реализуя и генерируя практические механизмы образования и воспитания. Так, к примеру, Школа № 44 одна из первых учреждений города Уфы ввела раннюю профильную подготовку учащихся в финансово-экономическом направлении и успешно входит в существующую систему: «Школа – колледж – ВУЗ», верхом данной системы является Высшая школа экономики при Правительстве Российской Федерации. Данный проект реализуется с 1988 года.

Кроме того, Школа № 44 традиционно была лидером в развитии физкультурно-спортивного образования. Имея уникальную спортивную базу (более 5 залов, собственную Ледовую Арену, теннисный корт и т.д.)  Школа   на   протяжении многих лет являлась Кузницей детского спортивного резерва по более 20 видам спорта.

Благодаря предыдущим поколениям учителей и руководителей образовательного учреждения Школа № 44 уверенно заработала репутацию одного из сильнейших образовательных учреждений города Уфы, свое историческое имя на карте образования Республики Башкортостан. 

С 24 сентября 1984 года по 01 сентября 1988 года директором школы № 44 работала Ахряпова Клавдия Петровна.  С 01 сентября 1988 года по 28 декабря 2012 года директором школы № 44 был Толстоноженко Александр Леонидович.

С 28 декабря 2012 года по 30 сентября 2016 года директором школы являлся кандидат педагогических наук, доцент, мастер спорта России по пауэрлифтингу, лауреат федеральных кадровых и образовательных проектов, действительный член Кадрового резерва Президента РФ - Оскар Фаритович Латыпов.

С 28 октября 2016 года  директором МБОУ Школа № 44 является Батыршин Азат Рафаилович.