С 1945 года в организации городской олимпиады по химии принимают активное участие три организации – ЛГУ им. А.А.Жданова (ныне СПбГУ), ЛГПИ им.А.И.Герцена (ныне РГПУ им.А.И.Герцена) и Дворец пионеров им. А.А.Жданова (ныне ГБОУ ЦО «СПбГДТЮ»). 
В последние 15 лет олимпиада проводится в Санкт-Петербурге для 4х возрастных категорий 8, 9, 10 и 11 классов, включает в себя теоретические и экспериментальные туры. Программа по подготовке к олимпиаде по химии представляет собой круглогодичный образовательный цикл, включающий кроме туров олимпиады систему многоуровневых кружков по подготовке к олимпиаде и летнюю лагерную компанию. Такая структура олимпиады позволяет не только отобрать талантливых детей, но и подготовить их к успешным выступлениям на всероссийском и международном этапах. За последние 10 лет победители и призеры Санкт-Петербургской олимпиады школьников по химии регулярно входят в состав сборной Российской Федерации на международных химических олимпиадах и привозят медали.