Байкальский базовый медицинский колледж является государственным автономным профессиональным образовательным учреждением, реализующим программы подготовки специалистов среднего звена базового, углубленного уровней, профессионального обучения и дополнительного профессионального образования.
Учебное заведение было основано в 1964 году. Статус колледжа присвоен учебному заведению в 2008 году. С 1 июля 2011 года получил статус Государственного автономного учебного заведения среднего профессионального образования «Байкальский базовый медицинский колледж Министерства здравоохранения Республики Бурятия» (постановление Правительства Республики Бурятия от 1 июня 2011 г. № 264, постановление Правительства Республики Бурятия «О реализации в Республике Бурятии Федерального закона от 3 ноября 2006 № 174-ФЗ «Об автономных учреждениях»). С 1 июля 2012 года создан Кяхтинский филиал на основании Постановления Республики Бурятия от 15 марта 2012 года № 127 «О реорганизации государственного автономного образовательного учреждения среднего профессионального образования «Байкальский базовый медицинский колледж Министерства здравоохранения Республики Бурятия» путем присоединения к нему государственного бюджетного образовательного учреждения среднего профессионального образования «Кяхтинский медицинский колледж».Кяхтинский филиал государственного автономного профессионального образовательного учреждения «Байкальский базовый медицинский колледж Министерства здравоохранения Республики Бурятия» (далее - филиал) - это обособленное структурное подразделение ГАПОУ «Байкальский базовый медицинский колледж МЗ РБ», расположенное вне места его нахождения.