В 1 и 2 классах школы 8 учителей начали обучение 20 детей. Первоначально школа размещалась в Доме Юргиса Балтрушайтиса на улице Поварской. В 1994 году получила статус государственной, была зарегистрирована под номером 1247 и названа «Шальтинелис», что в переводе с литовского означает «родничок». Очень скоро помещения, предоставленные Посольством Литовской Республики, стали тесны.В 1995 году школа переехала в новое здание по адресу: Госпитальный пер. 3.В 1997 году – был надстроен 4 этаж мансардного типа. 1 сентября 2004 года встречали в гостях, в помещении школы № 348 , т. к. был получен долгожданный приказ о строительстве нового современного здания, рассчитанного на 275 учащихся.В марте 2005 года создано научное общество учащихся  КРУГОЗОР».1 сентября 2005 года отпраздновали новоселье, школа переехала в современное здание, построенное по индивидуальному проекту.  15 ноября 2005 года  было подписал распоряжение о присвоении школе имени Юргиса Балтрушайтиса, литовского поэта-символиста, первого посла Литовской Республики в России. Школа получила название: Государственное образовательное учреждение средняя общеобразовательная школа с этнокультурным литовским компонентом образования № 1247 им. Ю. Балтрушайтиса.1 сентября 2007 года школа впервые открывает 5-ый гимназический класс.В сентябре 2007 года впервые начинает работать группа кратковременного пребывания дошкольников.  В марте 2009 года создано проектное бюро  «ВУНДЕРКИНД».С 2010 г. в школе работает ГЭП «Компетентностный подход в формировании единой образовательной среды начальной школы».В январе 2012 года школа стала государственным бюджетным учреждением и именуется  Государственное бюджетное образовательное учреждение города Москвы с этнокультурным литовским компонентом образования №1247 имени Юргиса Балтрушайтиса.С 2011 г. школа вступила в пилотный проект по апробации НСОТ в учреждениях образования.С 2011 г. школа является стажировочной площадкой по внедрению ФГОС НОО.С 2012 г. школа включена в пилотный проект по внедрению ФГОС ООО.Обучение ведется на русском языке.В школе обучаются представители 18 национальностей (по национальности родителей).Структура самоуправления в школе такова: общешкольная конференция, управляющий совет школы (в периодах между общешкольными конференциями),  родительский комитет, ученический совет.